DFT
[DFT]
QuantumExpressoを導入してみた。あと、Lobsterとabipy 。
本体PCは、
マザーボード: ASRock Intel Z390 ATX Pro4 CPU: INTEL Corei7-9700K メモリ: CORSAIR DDR4-2666MHz 8GBx4
で作ってみた。
OSはUbuntu 20.04 LTS
ubuntu.com
イメージファイルは、
hdiutil convert -format UDRW -o ubuntu.img ubuntu.iso diskutil list diskutil unMountDisk /dev/diskNN sudo dd if=ubuntu1.img of=/dev/rdiskNN bs=1m
で作製。
- インストール後、ubuntu softwareのリストがおかしかったのでクリーンアップ。
- https://sicklylife.hatenablog.com/entry/2017/02/19/065627
sudo apt purge gnome-software gnome-software-common ubuntu-software sudo apt install ubuntu-software gnome-software* sudo appstreamcli refresh --force --verbose sudo rm -r /var/cache/app-info && sudo appstreamcli refresh --force --verbose killall gnome-software ; gnome-software --verbose | tee /tmp/gnome-software.log
- SSHサーバー
sudo apt install openssh-server sudo systemctl enable ssh sudo systemctl restart ssh
- ファイル名を英語に
LANG=C xdg-user-dirs-gtk-update
- Linuxbrewをインストール
sudo apt install ruby sudo apt install texinfo libbz2-dev libcurl4-openssl-dev libexpat-dev libncurses-dev zlib1g-dev sudo apt install gettext sh -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Linuxbrew/install/master/install.sh)"
- sudoでもlinuxbrewソフトを使う
/etc/sudoers に /home/linuxbrew/.linuxbrew/bin を追加
- 基本的なツールのインストール
sudo apt install build-essential sudo apt install clang sudo apt install libboost-all-dev
- 準備
sudo apt install gnuplot pip3 install cif2cell pip3 install pymatgen sudo apt install grace sudo apt install mpich pip3 install pyprocar pip3 install abipy sudo apt install freeglut3 freeglut3-dev sudo apt install libcanberra-gtk-module
- wxDragon , LOBSTER, abypy
wxdragonhttp://www.wxdragon.de/
Lobster http://www.cohp.de/
abipy https://abinit.github.io/abipy/index.html
- QuantumExpresso
git clone q-e ./configure make install
- 分子軌道法MOPAC
sudo apt install mopac7-bin
- VESTA ホームページからバイナリダウンロード
sudo apt install libgtk-3-dev wget https://jp-minerals.org/vesta/archives/3.5.5/VESTA-gtk3.tar.bz2 sudo apt install glade tar jxf VESTTA-gtk3.tar.bz2
８コアでの計算
mpirun -np 8 --map-by core pw.x < scf.in |tee scf.out
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[emacs] org-mode
テキストベースの日誌システムを以前から探していたのだが、org-modeというのが良さそうなのを発見して使用してみた。
emacsで動作するので、適切な設定をすると、入力可能になる。そして、iOSでもorg-captureを利用した「mobileorg (
データはすべてテキストなので、アプリのサポートが切れてファイルが読めなくなる心配がない。
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[ubuntu]
apt installしてたら、こういうエラーが出て、
libncurses5-dev : Depends: libtinfo5 (= 6.1-1ubuntu1) but 6.1-1ubuntu1.18.04 is to be installed
Depends: libncurses5 (= 6.1-1ubuntu1) but 6.1-1ubuntu1.18.04 is to be installed
Depends: libtinfo-dev (= 6.1-1ubuntu1) but it is not going to be installed
検索したら
sudo apt install aptitude sudo aptitude install autoconf bison build-essential libssl-dev libyaml-dev libreadline6-dev zlib1g-dev libncurses5-dev libffi-dev libgdbm5 libgdbm-dev
こういう解決策が出ていた。
aptitudeが、依存関係を解決してくれる！！！
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[OSX]パワーポイント自動保存
場所が微妙に違うところにも保存されるらしい。
こちらのファイルの削除で、自動保存ファイルの復元が解除された！
Finderを開く 上のメニューバーから【表示】→【表示オプション】 下の方にある【ライブラリホルダーを表示】にチェックを入れる Finderに戻りCmd+Shift+hでホームディレクトリへ移動 ライブラリ → container→ com.micorsoft.Powerpoint → data→library → Preferences → AutoRecovery 中身を全て削除 自動保存済みのファイルも削除
パワーポイント
パワポで、プレゼンテーション１【自動保存済み】というのが起動時に必ず現れて、しかも、中途半端なプレゼンが残った状態になっていて、いらいらしていたのだが、下記の方法で削除できた！！ありがとうWEB！ありがとうこの回答書いてくれた人！
Finderの状態でコマンド+Shift+h 表示→表示オプション ライブラリホルダーを表示にチェックを入れる ライブラリ→container→com.micorsoft.Powerpoint→data→library→autosave informationの中身を削除 これでいちいち立ち上がらなくなりました。
