DFT

[DFT]

QuantumExpressoを導入してみた。あと、Lobsterとabipy 。

本体PCは、

マザーボード:
ASRock Intel Z390 ATX  Pro4 
CPU:
INTEL Corei7-9700K
メモリ:
CORSAIR DDR4-2666MHz 8GBx4

で作ってみた。

OSはUbuntu 20.04 LTS
ubuntu.com

イメージファイルは、

• https://www.virment.com/making-installusb-ubuntu-mac/

hdiutil convert -format UDRW -o ubuntu.img ubuntu.iso
diskutil list
diskutil unMountDisk /dev/diskNN
sudo dd if=ubuntu1.img of=/dev/rdiskNN bs=1m

で作製。

• インストール後、ubuntu softwareのリストがおかしかったのでクリーンアップ。
• https://sicklylife.hatenablog.com/entry/2017/02/19/065627

sudo apt purge gnome-software gnome-software-common ubuntu-software 
sudo apt install ubuntu-software gnome-software* 
sudo appstreamcli refresh --force --verbose 
sudo rm -r /var/cache/app-info && sudo appstreamcli refresh --force --verbose 
killall gnome-software ; gnome-software --verbose | tee /tmp/gnome-software.log 

• SSHサーバー

sudo apt install openssh-server
sudo systemctl enable ssh
sudo systemctl restart ssh

• ファイル名を英語に

LANG=C xdg-user-dirs-gtk-update

• Linuxbrewをインストール

sudo apt install ruby
sudo apt install texinfo libbz2-dev libcurl4-openssl-dev libexpat-dev libncurses-dev zlib1g-dev
sudo apt install gettext
sh -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Linuxbrew/install/master/install.sh)"

• sudoでもlinuxbrewソフトを使う

/etc/sudoers に
 /home/linuxbrew/.linuxbrew/bin　を追加

• 基本的なツールのインストール

sudo apt install build-essential
sudo apt install clang
sudo apt install libboost-all-dev

• 準備

sudo apt install gnuplot
pip3 install cif2cell
pip3 install pymatgen
sudo apt  install grace
sudo apt install mpich
pip3 install pyprocar
pip3 install abipy
sudo apt install freeglut3 freeglut3-dev
sudo apt install libcanberra-gtk-module

• wxDragon , LOBSTER, abypy

wxdragonhttp://www.wxdragon.de/
Lobster http://www.cohp.de/
abipy https://abinit.github.io/abipy/index.html

• QuantumExpresso

git clone q-e
./configure
make install

• 分子軌道法MOPAC

 sudo apt install mopac7-bin

• VESTA ホームページからバイナリダウンロード

sudo apt install libgtk-3-dev
wget https://jp-minerals.org/vesta/archives/3.5.5/VESTA-gtk3.tar.bz2
sudo apt install glade
tar jxf VESTTA-gtk3.tar.bz2

８コアでの計算

mpirun -np 8 --map-by core pw.x < scf.in |tee scf.out